По-умолчанию терминалом для PhpStorm является стандартный терминал windows cmd.exe
При этом PHPStorm позволяет выбрать, какой терминал использовать. Настраивается здесь:
Собственно в поле shell path вписываем путь до предварительно установленного sh.exe скрипта git-а и вуа-ля! Терминал становится более привычным к линуксовому.